L’histoire se situe après les deux opus de Kingdom Hearts, et après Chain of memory. Malheureusement, Sora, Riku, et les autres se retrouvent dispersés de partout, tous dans un monde différent, A cause de Xemnas, et de l'organisation XIII. Riku se trouve seul, et se réveille dans la Forteresse Oublié, seul, sans le roi Mickey, qui semble avoir disparut. Sora se retrouve seul lui aussi dans la Cité du crepuscule. L'organisation XIII ayant semé le chaos, est à la recherche du maître de la Keyblade.
Pour couronner le tout, le porte des ténèbres se réouvre, et laisse les sans cœur sortire, ainsi que les personnes ayant étés vaincus précédemment par Sora et Riku. Mais qui à réouvert la porte des ténèbres, et qui a séparé Sora et ses autres amis? C'est à vous de le découvrir.
L’histoire commence donc ici.